Bitlis'te dünyaya gelen Fuat Sezgin, İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Şarkiyat Enstitüsü‘nden mezun olmuş ve aynı üniversitede İslam bilimleri ve oryantalizm alanında otorite olarak kabul edilen alman Oryantalist Hellmut Ritter'in yanında yetişmiştir. Hellmut Ritter'in ilimlerin temelinde İslam bilimleri olduğunu söylemesi ile İslam bilimlerine yönelen Fuat Sezgin, 1951 yılında İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesinden mezun olduktan sonra Arap dili ve edebiyatı üzerine doktorasını tamamlamıştır.
Buhari'nin kaynakları isimli doktora tezi ile 1954 yılında Arap dili ve edebiyatı bölümünde doçent unvanını aldı. Tamamladığı bu tez ile Hadis kaynağı olarak İslam kültüründe önemli bir yeri olan Buhari'nin, sözlü kaynaklarla değil yazılı kaynaklarla eserlerini oluşturduğu tezini savundu. Buhari'nin üzerinde çalıştığı bu yazılı kaynakların, İslam'ın ilk dönemlerine, hatta 7. asra kadar giderek çalışmalarını yaptığını ispat etti. Fuat Sezgin Hoca'nın ortaya attığı bu tez, avrupa merkezli oryantalist çevrelerde sürekli tartışma konusu haline gelmiştir.
1960 yılında Fuat Sezgin Hoca askeri cuntacılar tarafından “Zararlı Profesör” yakıştırması ile üniversiteden ihraç edilmiştir. 36 yaşında yani 1961 yılında Türkiye topraklarını terk etmek durumunda kalmıştır. 1961 yılında Almanya yolculuğu için yanına sadece iki valiz dolusu fiş ve belge alabilmiş, Frankurt Üniversitesi'nde misafir doçent olarak derslere başlamıştır.
1966 yılında profesör unvanını alan Fuat Sezgin, bilim çalışmalarını Arap – İslam kültürü ve tabii bilimler tarihi alanında yoğunlaştırmaya başlamıştır. 1961 yılında üzerinde çalıştığı fişler zamanla değerlenmeye başlamış ve Fuat Sezgin Hoca'nın adının duyulmasını sağlamıştır.
Kral Faysal ödülünü 1978 yılında alan Sezgin, bu ödül ile birlikte Arap dünyasının devlet büyükleri ile tanışma imkânı bulmuş ve üzerinde düşündüğü büyük projeyi devlet adamlarına
Üzerine 1982 yılında J. W. Geothe Üniversitesi'ne bağlı olarak çalışan Arap – İslam Bilimleri Tarih Enstitüsü'nü ve 1983 yılında da buraya ait müzeyi kurmuştur. Ömrünün sonuna kadar bu enstitünün yöneticiliğini üstlenmiştir.
Arap – İslam Bilimleri Enstitüsü'ne bağlı olarak kurduğu müzede, Müslüman bilim adamları tarafından üretilmiş olan alet ve cihazlar ile bilimsel araç ve gereçlerin, yazılı belgelere dayanarak yaptırmış olduğu örneklerini sergilemiştir. Fuat Sezgin Hoca İstanbul Gülhane Parkı müştemilatındaki Has Ahırlar Binasında Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından hizmete açılan İslam Bilim ve Teknoloji Tarihi Müzesi ile Türkiye'de tanınmıştır.
Müslüman bilim adamlarının buluşlarını sergilediği Gülhane Parkı'nda bulunan İslam Bilim ve Teknoloji Tarihi Müzesi halen ziyaretçilere açıktır.
2018 yılında vefat eden Fuat Sezgin dünya bilimler tarihi alanında dünyanın sayılı otoritelerinden birisi olarak; bilim tarihine adını altın harflerle yazdırmıştır. Fuat Sezgin Arapça, Latince, İbranice, Süryanice, Almanca, İngilizce de dâhil olmak üzere 27 dili konuşacak ve anlayacak düzeyde iyi bilmektedir.
Türkiye' de 2019 yılı Cumhurbaşkanlığı genelgesi ile Fuat Sezgin yılı olarak ilan edilmiştir. 2019 yılı boyunca Fuat Sezgin adına yapılacak olan çalışmalar Prof. Dr. Fuat Sezgin İslam Bilim Tarihi Araştırmaları Vakfı ile işbirliği içerisinde ülke ve dünya yüzeyinde gerçekleştirilmektedir.