Klorofilin yapısında karbon (C), hidrojen (H), oksijen (O),azot (N) ve magnezyum (Mg) atomları bulunur. Mg, molekülünortasında yer alır. Mg atomunun etrafında 4 pirol halkası bulunur.
Bunların bir tanesine uzun yan zincirli bir alkol olan fitol bağlanır. Klorofil sentezi için Fe ve Mg iyonları ile ışığa ihtiyaç vardır. Mg klorofilin yapısına katılır, Fe ise klorofil sentezinde görevli olan enzimin kofaktörüdür.
Klorofil molekülünün 20 kadar çeşiti vardır. En önemlileri klorofil a ve klorofil b dir.
NOT: Bitkilerde çiçek ve meyvelerin renklerini oluşturan karoten, ksantofil gibi pigmentler farklı dalga boyundaki ışınları emerek klorofile aktarırlar. Bunlar doğrudan ışık enerjisini kimyasal enerjiye dönüştüremezler